รายงานของสำนักงานคณะกรรมการความปลอดภัยด้านการขนส่งแห่งประเทศอินโดนีเซีย (NTSC) ระบุสาเหตุของอุบัติเหตุครั้งนี้ว่าเกิดจากนักบินสับสนทิศทางการเลี้ยวเครื่องบินซึ่งทำให้นักบินเบี่ยงเบนความสนใจจากตำแหน่งในแนวตั้ง ส่งผลทำให้เครื่องบินลดระดับต่ำลงมาจากระดับ 2,000 ฟุตที่กำหนดให้รักษาไว้ และชนยอดไม้ที่ระดับความสูง 1,550 ฟุตจากระดับน้ำทะเล[6] นอกจากนี้รายงานฉบับดังกล่าวยังวิจารณ์การฝึกหัดนักบินของการูดาอินโดนีเซียซึ่งฝึกนักบินซึ่งประจำเครื่องบินแอร์บัสทั้งสองรุ่นได้แก่เอ300-600 และเอ300บี4 เอฟเอฟซีซี ซึ่งใช้อุปกรณ์แผงควบคุมคนละชนิดกัน โดยรายงานระบุว่าการูดาอินโดนีเซียฝึกนักบินได้ไม่ดีพอซึ่งทำให้นักบินที่คุ้นเคยกับแผงควบคุมของเครื่องบินรุ่นหนึ่งสับสนขณะประจำเครื่องบินอีกรุ่นหนึ่ง[6] สาเหตุเสริมในอุบัติเหตุครั้งนี้ได้แก่ความบกพร่องของอุปกรณ์เตือนว่าใกล้พื้นดิน (Ground Proximity Warning System หรือ GPWS) และแผนที่นำทางที่เจ้าหน้าที่ควบคุมจราจรทางอากาศในเมดันนั้นไม่ดีพอ[6]